Các con trai của Vua Philip IV: Louis X, Philip V và Charles IV, không để lại những người thừa kế nam còn sống, dẫn đến việc chồng của Joan lên ngai vàng Pháp. Chiến tranh Trăm năm ngay lập tức bùng nổ sau đó, do Edward III của Anh, cháu ngoại của Philip IV, tuyên bố muốn đội ngôi vương miện của Pháp. Thông minh và có ý chí mạnh mẽ, Joan đã chứng tỏ một nhiếp chính có khả năng trong khi chồng bà chiến đấu trong các chiến dịch quân sự trong chiến tranh. Tuy nhiên, bản chất và sức mạnh của bà đã khiến cả bản thân và chồng bà bị mang tiếng xấu, nổi bật bởi sự dị dạng về thân thể của bà (được một số người coi là "dấu hiệu của tội ác"), và bà bị chế giễu với một cái tên mỉa mai "la male royne boiteuse" ("Nữ hoàng xấu xí què quặt"). Một biên niên sử mô tả Joan là mối nguy hiểm cho kẻ thù của mình trước tòa: "Nữ hoàng Jeanne de Bourgogne ... giống như một vị vua tranh quyền vậy, và bà ta và gây ra sự hủy diệt của những người chống lại ý chí của bà ta một cách tàn độc."[3]

Bà cũng được coi là một người phụ nữ có trình độ học vấn cao và là một người mê đọc sách : Jeu d'échecs moralisés của Jacques de Cessoles (c.1347), một nhiệm vụ được thực hiện bởi Jean de Vignay.

Joan mất vì bệnh dịch hạch ngày 12 tháng 12 năm 1349. Chồng bà, Philip, kết hôn với cháu họ xa của mình là Blanche xứ Navarre, con gái nữ hoàng Joan II của Navarre.[4] Bà được chôn cất trong Vương cung thánh đường Saint Denis; Ngôi mộ của bà, được xây dựng bởi người cháu trai nội Charles V, nhưng đã bị mạo phạm trong Cách mạng Pháp.